代表者会議の公表資料によると、システム改修などの費用が9300万円、J-LISの判断でカード発行を安定的に行うために追加的な対策に要した費用が1億150万円とした。費用負担について5社のコンソーシアムと協議を行い、いずれの費用も5社が負担する。このうち、中継サーバーの常時監視対応でJ-LISが負担した150万円分は富士通に請求する。
カード管理システムの障害対応にかかった費用の内訳は、瑕疵担保責任として中継サーバーの設定変更などが1000万円、原因特定のためのログ解析などが8300万円。このほか、社会的な責任に鑑み事業者が負担する分として、中継サーバーの増設費用が1000万円、ベンダーが負担した中継サーバーの常時監視対応費用が9000万円、J-LISが負担した中継サーバーの常時監視対応費用が150万円。
